科研机构
截至2024年4月，学校拥有国家级及省级科研平台22个，其中国家中医临床研究基地1个，国家中医药管理局中医药科研三级实验室2个，省级重点实验室3个、工程（技术）研究中心4个、中医药临床评价研究中心1个，公共科技服务平台2个，省级新型研发机构2个，省级协同创新中心3个，省哲学社会科学研究基地1个，省技术转移示范机构1个，省国际联合创新平台1个，省国际科技合作基地1个。云南省科技特派团3个。拥有省级创新团队8个，省级院士专家工作站及站点23个。拥有省高校重点实验室和工程中心24个，省高校科技创新团队17个。
科研成果
项目承担
截至2018年7月，学校近5年来，承担各级各类科研项目1000余项，其中，国家级近100项，省部级300余项。2012年至2017年，学校获得自然科学各级各类科研项目659项，其中国家级84项，省部级252项。学校获得社会科学各级各类科研项目101项，其中国家级8项，省部级34项。
科研获奖
近3年来（2021-2023年），学校作为第一单位获省级科研成果奖8项，其中云南省科学技术进步奖一等奖2项，二等奖2项，中华中医药学会科学技术奖一等奖1项。
学术期刊
《云南中医学院学报》
《云南中医学院学报》是综合性中医药学术类期刊，为中国科技核心期刊，被《中国核心期刊（遴选）数据库》《中国期刊网》《CNKI中国期刊全文数据库（CJFD）》《中国学术期刊（光盘版）》《中国学术期刊综合评价数据库》等数10种国家权威检索系统和数据库收录。设有中医基础理论、实验研究、方药研究、临床研究、针灸推拿、民族医药、药用植物资源等20余个栏目。先后获全国中医药优秀期刊、中国高等医药院校优秀学报、全国高校自然科学优秀学报等奖项。
馆藏资源
截至2023年11月，现有纸本藏书113.8万册，纸质期刊273种，馆藏线装古籍图书1.8万册，电子资源总量61.78TB，拥有中外文数据库56个，电子图书485.3027万册，电子期刊67.7335万册、学位论文658.5059万册、音视频26314.71小时。 在馆藏的纸质文献中，医学类文献约占42%，其中中医药、民族医药类文献约占20%。馆藏的1.8万册中医药文献古籍，涵盖了医经、本草、方书、医史、针灸、养生、医案医话及临床等各科，拥有《性原广嗣》《彻胜八编》《补注洗冤集录》《镌尹真人性命圭旨书》《滇南草本》等珍本、善本共39种，进入国家古籍普查目录1420种、13102册。