科研平台
截至2020年4月，上海海洋大学拥有国家工程技术研究中心1个、国家工程实验室1个、科技部国际联合研究中心1个、国家大学科技园1个；教育部重点实验室等省部级重点实验室及平台30余个；建有国际海洋研究中心、中澳国际合作研究中心、远洋渔业国际履约研究中心、海洋科学研究院等一批校级科研平台；拥有中国第一艘远洋渔业资源调查船“淞航”号、中国唯一的CNAS、CMA、DNV
GL和USCG资质认定的船舶压载水实验室，建设亚洲最大世界第三的动水槽，建有中国远洋渔业数据中心和海洋高性能计算中心；与农业部长江流域渔政监督管理办公室合作设立长江水域生态保护战略研究中心。
国家工程技术研究中心：国家远洋渔业工程技术研究中心
国家工程实验室：海洋工程装备检测试验技术国家工程实验室
科技部国际联合研究中心：国家海洋生物科学国际联合研究中心
国家大学科技园：上海海洋国家大学科技园
教育部重点实验室（省部共建）：水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室、大洋渔业资源可持续开发教育部重点实验室
农业部重点实验室：农业部淡水水产种质资源与利用重点实验室、农业部水产品贮藏保鲜质量安全风险评估重点实验室、农业部大洋渔业开发重点实验室、农业部渔业信息重点实验室等
农业部中心平台：国家水生动物病源库、中国渔业发展战略研究中心、团头鲂遗传育种中心、鱼类营养与环境生态研究中心、国家淡水水产品加工技术研发分中心（上海）、冷库及制冷设备质量监督检验测试中心、大洋渔业资源环境观测实验站、远洋渔业培训中心等
国家发改委科研平台：船舶压载水检测试验室
国家智库：远洋渔业国际履约研究中心
上海市协同创新中心：水产动物遗传育种上海市协同创新中心
上海工程技术研究中心：上海市水产养殖工程技术研究中心、上海水产品加工及贮藏工程技术研究中心、上海深渊科学工程技术研究中心、上海河口海洋测绘工程技术研究中心等
上海社会调查研究中心：上海市人民政府发展研究中心上海社会调查研究中心上海海洋大学分中心（民生与食品安全）
上海高校重点实验室：大洋生物资源可持续开发和利用上海高校重点实验室、水产品加工及贮藏上海高校重点实验室、海洋动物系统分类与进化上海高校重点实验室
上海高校人文社会科学重点研究基地：海洋产业发展战略研究中心
上海高校工程研究中心：水域环境生态上海高校工程研究中心
上海高校协同创新中心：远洋渔业协同创新中心
上海研发公共服务平台：上海港口及近海生态环境科技服务平台
校级科研平台（含国际合作平台）：国际海洋研究中心、远洋渔业国际履约研究中心（与中国远洋渔业协会共建）、上海海洋大学海洋科学研究院、洋山港海洋生态系统野外科学观测站、海洋测绘应用工程技术中心、食品安全研究中心、中美（SHOU－NOAA）海洋遥感及渔业信息研究中心、中澳国际合作研究中心、海洋经济研究中心、海洋文化研究中心、翻译与词典研究中心、公共管理研究所、外国语言研究所、渔文化研究所、淡水鱼加工利用研究室等
馆藏资源
截至2017年5月，上海海洋大学图书馆有纸质图书140万余册，电子图书约98册，数据库40余个，馆藏资源突出学校的海洋、水产、食品特色。
学术期刊
《上海海洋大学学报》（原《上海水产大学学报》）
是由上海市教委主管、上海海洋大学主办，以水产科学技术为主的综合性学术期刊。《上海海洋大学学报》作为文献源被《化学文献》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ,VINITI）、日本《CBST
科学技术文献速报》、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》、《水科学和渔业文摘》（ASFA）、《中国科学引文数据库（CSCD）》、《中国生物学文摘》、《中国水产文摘》等众多国内外检索期刊收录。《上海海洋大学学报》被北京大学图书馆定为“中文核心期刊”、被中国科学院文献情报中心定为“中国科学引文数据库来源期刊”、被中国科学技术信息研究所定为“中国科技核心期刊”。2006年，《上海海洋大学学报》荣获教育部科学技术司颁发的“首届中国高校优秀期刊奖”，2013年获得教育部科技发展中心颁发的2012年度“中国科技论文在线优秀期刊”二等奖。
《水产学报》
是由中国科协主管、中国水产学会主办、上海海洋大学承办的以反映我国水产科学技术成果为主的学术类核心期刊（中国科学引文数据库CSCD核心库和中国科学技术信息研究所核心库）。《水产学报》已加入了中文期刊全文数据库、中国学术期刊综合评价数据库、中国生物学文献数据库、清华大学（光盘版）电子刊物数据库、万方数据网络中心
。《水产学报》作为文献源被美国《化学文摘》（CA,Chemical
Abstracts）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ,VINITI）、英国《农业与生物科学研究中心文摘》（CAB
Abstracts）、英国《全球健康》（Global
Health）、美国《剑桥科学文摘》CSA（NS）、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》（JST）、英国《动物学记录》（ZR，Zoological
Record）、美国《乌利希期刊指南》（UPD，Ulrich's Periodicals
Directory）、《水科学和渔业文摘》（ASFA）、《中国科学引文索引》、《中国学术期刊文摘（中、英文版）》、《中国生物学文摘》、《中国水产文摘》等众多国内外检索期刊收录。《水产学报》
为2002-2009年，2011年“百种中国杰出学术期刊”；2008年及2011年科技部“中国精品期刊”；2009年，2012年“华东地区优秀期刊”；2006年-2008年获中国科协“精品期刊工程项目（C类）”资助；2009-2011年获中国科协“精品期刊工程项目（B类）”资助；2012-2013年获中国科协“期刊学术质量提升项目”资助。2012年被评为“中国国际影响力优秀学术期刊”和RCCSE“中国权威学术期刊”。
学校还主办中国第一本水产类英文期刊《Aquaculture and Fisheries》。
学校是上海市水产学会、上海市食品学会、上海市渔业经济研究会和上海市延安精神研究会挂靠单位。