科研平台
截至2021年5月，学校有16个省部级重点研究基地，其中教育部工程研究中心2个，教育部科技查新工作站1个，交通运输部重点实验室1个，上海市高校知识服务平台高级战略研究中心1个，上海市科委工程研究中心1个，上海市海洋局工程技术研究中心1个，上海工程技术研究中心5个，上海市高校人文社会科学重点研究基地2个，上海市社会科学创新研究基地1个，上海市人民政府发展研究中心1个，设有上海海事大学海洋材料科学与工程研究院、物流科学与工程研究院等科研机构，上海国际航运研究中心挂靠学校。
教育部工程研究中心：集装箱供应链技术教育部工程研究中心、航运仿真技术教育部工程研究中心
交通运输部重点实验室：航运技术与控制工程交通行业重点实验室
中国智库索引（CTTI）来源智库：中国（上海）自贸区供应链研究院
上海市科委工程研究中心：上海航运物流信息工程技术研究中心
上海市高校人文社会科学重点研究基地：海商法研究中心、上海国际航运研究中心
上海市人民政府发展研究中心：上海发展战略研究所工作室
上海市社会科学创新研究基地：自贸试验区供应链研究基地
上海高校重点实验室：深海极端环境服役材料实验室
上海市协同创新中心：上海国际航运研究中心
上海市海洋局工程技术研究中心：上海市海洋局深海装备材料与防护工程技术研究中心
上海工程技术研究中心：港口与海洋重装备安全上海工程技术研究中心、船舶智能运维与能效监控上海工程技术研究中心、智能海事搜救与水下机器人上海工程技术研究中心等
馆藏资源
截至2019年，上海海事大学图书馆馆藏纸质图书140余万册，纸质报刊669种；电子图书155万余册，电子期刊29754种；拥有数字资源平台51个，数据库140个（包括3个自建特色数据库）。馆藏以海事、物流文献为特色，建有国际海事研究图书馆，含“港口、航运、物流”、“海事政策与法律”、“商船、海洋科学与工程”三大海事文献与信息集群。上海海事大学图书馆是全国专利文献服务网点，中国高等教育文献保障系统（CALIS）虚拟参考咨询服务示范馆，中国高校人文社会科学文献中心（CASHL）成员馆，上海市中心图书馆、上海市文献资源共享协作网、上海高校网络图书馆成员馆；涉海院校图书馆联盟、上海行业情报发展联盟、上海市新兴产业情报研究联盟等组织的发起单位。
学术期刊
上海海事大学设有上海海事大学杂志总社，负责出版《上海海事大学学报》《计算机辅助工程》《水运管理》《集装箱化》4种期刊。
《上海海事大学学报》
被美国剑桥科学文摘（CSA）、英国海事技术文摘（BMTA）、波兰哥白尼索引、RCCSE中国核心学术期刊、中文核心期刊要目总览水路运输类中文核心期刊、中国核心期刊（遴选）数据库、中国科技期刊精品数据库、中国学术期刊综合评价数据库、中文科技期刊数据库、龙源期刊网数据库、中文电子期刊服务（CEPS）数据库、中国学术期刊文摘（中文版）、万方数据—数字化期刊群、中国期刊网、中国学术期刊（光盘版）等收录，是中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）。
《计算机辅助工程》
设有专家视点、专稿、工程数值仿真与CAE算法等栏目，是英国科学文摘（2014）、英国INSPEC数据库收录期刊、美国剑桥科学文摘（CSA）收录期刊、波兰哥白尼索引（IC）来源期刊、中国核心期刊（遴选）数据库收录期刊、万方数据—数字化期刊群全文上网期刊、中国学术期刊文摘（中文版）收录期刊，是中国期刊网、中国学术期刊（光盘版）、中文科技期刊数据库、龙源期刊网数据库全文收录期刊。
《水运管理》
杂志是交通部优秀科技期刊，中国学术期刊综合评价数据库来源期刊，获中国高校特色期刊奖，连续两次被选列为全国中文核心期刊。
《集装箱化》
设有集装箱运输市场，设有高层论坛、集装箱运输、港站码头、集装箱工业、多式联运、现代物流、装备技术、法规与案例、企业纵览、知识窗、市场经纬等栏目，被中国知网、龙源期刊网、万方数据知识服务平台等多家数据库收录。