科研平台
截至2016年10月，学校建有1个教育部工程研究中心，
3个教育部重点实验室，3个上海市重点实验室，8个国家中医药管理局重点研究室，2个国家中医临床研究基地，2个上海高校工程研究中心，2个上海高校人文社会科学重点研究基地，3个上海市高校E-研究院，2个上海市专业技术服务平台。
省部共建教育部重点实验室（3个）：中药标准化、肝肾疾病病症、筋骨理论与治法
教育部工程研究中心（1个）：中药现代制剂技术
上海市重点实验室（3个）：复方中药、中医临床、健康辨识与评估
国家中医药管理局重点研究室（8个）：中医医疗服务评估、传统医药法律保护、慢性肝病虚损、脊柱退变肾骨相关、中药新资源与品质评价、针灸免疫效应、中医药防治传染病、中医药健康服务模式与应用
上海高校重点实验室：中西医结合防治心脑疾病
国家中医药管理局重点研究室（8个）：中医医疗服务评估、传统医药法律保护、慢性肝病虚损、脊柱退变肾骨相关、中药新资源与品质评价、针灸免疫效应、中医传染病学
上海高校工程研究中心（2个）：中药创新药物研发、针灸推拿诊疗技术
上海高校人文社会科学重点研究基地（2个）：中医药文化研究与传播中心、医学科技史研究中心
上海高校E-研究院（3个）：中医内科学E-研究院、氧化氮及炎症医学E-研究院、中药药效物质E-研究院
上海市协同创新中心 （1个）：上海中医健康服务协同创新中心
上海市专业技术服务平台（2个）：上海市中医方证研究专业技术服务平台、上海市中医固体制剂专业技术服务平台
校级研究所：中医基础理论研究所、中医文献研究所、中药研究所、中医脊柱病研究所、中医外科研究所、中医肿瘤研究所中医骨伤科研究所、中医肾病研究所、中医肝病研究所、中医推拿研究所、中医药发展研究所、中医脾胃病研究所、中医工程研究所、中医儿科研究所、特色诊疗技术研究所、中西医结合临床研究所、中西医结合肿瘤介入研究所、中西医结合关节炎研究所、中医药国际标准化研究所
校级研究中心：科技实验中心、药物安全评价研究中心、穆拉德中药现代化研究中心、中医复杂系统研究中心、上海中药标准化研究中心、上海市中医药循证医学研究中心、中医药临床评价研究中心、全国中医医院医疗质量监测中心、中医方证与系统生物学研究中心、中医信息科学与技术研究中心、上海市中医药知识产权研究中心、中医标准化研究中心、中医药文化研究与传播中心、中医方证信息研究中心、传统医学国际疾病分类研究与服务评价中心、中国中医药文献检索中心上海分中心
校级研究院：创新中药研究院、科技人文研究院、交叉科学研究院、中西医结合研究院
法人研究机构：上海市气功研究所、上海市针灸经络研究所、上海市中医老年医学研究所、上海中医药博物馆
馆藏资源
图书馆
上海中医药大学图书馆创立于1956年9月。截至2013年，馆藏图书100万余册。设有专用古籍书库2个，面积逾170平方米。其中收藏古籍36663册件，包括特藏善本1110部6196册。
藏书主要为与中医药有关的元、明、清各时代的刻本、抄本，包括同时期内日本、朝鲜的各类版本，及民国时期中医药书籍和各中医院校的教材。
藏品中有诸如元代刻本《重修政和经史证类备用本草》，明万历二十七年（1599）赵开美校刻本《仲景全书》，明嘉靖汪济川刻本《重刊巢氏诸病源候总论》，清顺治六年（1599）白鹿山房木活字本《李士材先生伤寒括要》，民国时期《章太炎先生手写古医方》等珍品。其中《重刊巢氏诸病源候总论》（明嘉靖汪济川刻本）等10部古籍，被选入2008年、2009年、2010年文化部公布的3批《国家珍贵古籍名录》。馆内还有民国时期出版的中医期刊109种，各类文史哲线装书、善本书也有一定的收藏。
2009年6月被评为“全国古籍重点保护单位”和“上海市古籍重点保护单位”。
博物馆
上海中医药博物馆成立于2003年，前身是创建于1938年的中华医学会医史博物馆，为中国第一家医学史专业博物馆，由上海中医药大学/中华医学会医史博物馆、中药标本陈列馆、校史陈列馆组成。
截至2015年1月，博物馆建筑面积6314m2，展览面积4050m2，馆外有近10000m2的“百草园”，馆藏文物一万多件，种有600多种药用植物。基本陈列分原始医疗活动、古代医卫遗存、历代医事管理、历代医学荟萃、养生文化撷英、近代海上中医、本草方剂鉴赏、当代岐黄新貌八个专题，反映中华医学在各个历史时期取得的主要成就，并预示其未来发展的美好前景。
上海中医药博物馆是全国科普教育基地、全国中医药文化宣传教育基地、全国中医药健康旅游示范基地、国家AAA级旅游景区、中国政府奖学金来华留学生社会实践与文化体验基地、上海市爱国主义教育基地、上海市外国留学生中国文化体验基地、上海市科普教育基地、上海市科普旅游示范基地。
学术期刊
《上海中医药大学学报》
《上海中医药大学学报》是由上海市教育委员会主管，上海中医药大学和上海市中医药研究院主办的学术性科技期刊，国内统一连续出版物号：CN
31-1788/R，国际标准连续出版物号：ISSN
1008-861X。创办于1960年3月，原名《上海中医学院学报》，其后曾停刊；1987年复刊改名为《上海中医学院、上海市中医药研究院学报》；1999年经国家科技发展部批准为《上海中医药大学学报》，获正式刊号，公开向国内外发行。现为双月刊，大16开，铜版纸印刷，单月25日出版。国内邮发代号：4-619，国外发行代号：4884BM。
该刊入选中国科技论文统计源期刊，荣获“中国科技核心期刊”、
“中国核心学术期刊（Research Center for Chinese Science
Evaluation，RCCSE）”，为《中国药学文摘》、《中国药学文献数据库》《中国生物医学文摘》收录源期刊，并被国际著名数据库——美国《化学文摘》（CA）收录。设有名家薪传、百家评述、灵兰探幽、临床百科、学苑春秋、实验中医、方药研究、专题综述等栏目。侧重从中医药学科发展前沿和多学科综合研究的角度精心组稿、精编刊物，主要报道中医药在科研、临床等方面的研究成果，探讨中医药研究发展的思路和方法，介绍相关领域的国内外研究进展。
《上海中医药杂志》
《上海中医药杂志》是由上海市教育委员会主管，上海中医药大学、上海市中医药学会主办的国内外公开发行的学术性科技期刊，国际标准连续出版物号：ISSN 1007-1334，国内统一连续出版物号：CN 31-1276/R，大16开，月刊，每月10日出版。
本刊创办于1955年6月，是我国创办最早的中医药学术期刊之一，在我国中医药界有着广泛的影响和较高声誉。主要报道中医及中西医结合在临床和科研等方面的经验和成果，设有“名医传承”、“杏林漫道”、“学科新探”、“医理求真”、“经方纵横”、“专家治验”、“脉案精选”、“临床试验”、“临证心悟”、“穴法新探”、“实验研究”、“方药揽胜”、“综述”等栏目，为首批中国中文核心期刊。现为《中国科技核心期刊》《RCCSE中国学术核心期刊》《中国生物医学核心期刊》《全国中医药优秀期刊》《华东地区优秀期刊》《中国科技论文统计源期刊》《国家学位与研究生教育指定中文期刊》《中国生物医学文摘》和《中国药学文摘》源期刊。
本刊以“立足上海，服务全国，面向世界”为目标，精心组织选题，精编刊物，倡导新思路、新导向、新内容，遵循“读者至上”和“学术面前人人平等”的编辑方针，成为广大读者“开卷有益、拓展思路”的挚友。
《中医药文化》杂志
《中医药文化》杂志是由上海市教育委员会主管，上海中医药大学和中华中医药学会联合主办、上海中医药杂志社编辑出版的学术性科技期刊，为我国唯一以报道中医药文化为主要内容的刊物。原名《医古文知识》（创刊于1984年），2006年1月更名为《中医药文化》。自创刊以来，将“传承中医药文化精粹，提升中医药工作者素养，普及中医药文化知识”确立为办刊宗旨。在广大中医药专家、学者的热切关怀下，正逐步形成自身独特的办刊风格，受到越来越广泛的关注。
2011年6月，经中华中医药学会同意、国家新闻出版总署批准，《中医药文化》正式成为中华中医药学会的系列期刊，为期刊的进一步发展拓展了更广阔的空间。本刊主要栏目包括：名家心路、理论研究、轩岐论坛、名师讲堂、专题笔会、医派源流、医界春秋、医史博览、文献长廊、文坛医事、文博天地、医方赏析、汲古书斋、东篱风韵、书山清响、医籍文词、文化语丝、养生旨趣、青灯医话等。诸多栏目受到中医学界、文史学界以及社会各界有识之士的广泛关注、参与和好评。《中医药文化》为双月刊，国际标准连续出版物号：ISSN
1673-6281，国内统一连续出版物号：CN 31-1971/R。国内邮发代号：4-449，国外发行代号：1069BM。
《中医药文化》作为全国唯一的中医药文化主题学术期刊，办刊30余年，积累了丰富的学术资源和办刊经验，在国际传播层面做了大量的积极有益的探索，随着海内外对中医药人文历史认知需求的提升、中医药的国际化发展战略的实施、中医药文化学科多元一体态势的快速发展、国际层面中医药竞争的日益显现，为适应中医药在文化全球化时代的发展需求，2014年3月，推出《中医药文化》全英文海外版（Chinese
Medical
Culture），2016年正式创刊，成为整个国际层面中医人文及历史主题的学术期刊的零的突破，杂志依托于上海中医药大学丰富的中医药国际交流合作资源，为中医药的国际传播及话语权打造提供了新的机会和交流平台。
未来，《中医药文化》将以“引领中医药文化学科发展，打造中医药国际话语权”为己任，真正诠释中医药文化的精粹，推进中医药文化的学术研究与国内外传播。