院系专业
农学院
农园生产系所（硕士班、博士班）
水产养殖系
畜产系(动物科学与畜产系)
食品科学系
植物科学研究所
生物资源研究所
生物科技研究所
生命科学系
野生动物保育研究所
森林系
木材科学与设计系
植物保护系(植物医学系)
兽医学系
动物疫苗科技研究所
热带农业暨国际合作系
动物疫苗及佐剂技术研发中心
管理学院
农企业管理系所（硕士班）
企业管理系所（硕士班）
工业管理系所（硕士班）
资讯管理系所（硕士班）
经营管理系(企业管理系)
农村规划系
餐旅管理系
服饰科学管理系
财务金融研究所
生活应用科学系(已无此系)
科技管理研究所
景观暨游憩管理研究所
高阶经营管理硕士在职专班（EMBA）
工学院
水土保持系所（硕士班）
机械工程系所（四技、二技、硕士班、二技进修部）
车辆工程系所（四技、二技、硕士班、二技进修部）
土木工程系所（四技、二技、硕士班、二技进修部）
材料工程系所（四技、硕士班）
环境工程与科学系所（四技、二技、硕士班、二技进修部）
生物机电工程系所（四技、硕士班、四技进修部）
坡地防灾及水资源工程研究所
水资源教育及研究中心
人文暨社会科学学院
技职教育研究所
社会工作系
应用外语系
幼儿保育系
休闲运动保健系
通识教育中心
师资培育中心
实习托儿所
客家文化产业研究所