院系专业
截至2019年，台南艺术大学共有四个二级学院，一个委员会。
音乐学院
音乐学系、中国音乐学系、民族音乐学系研究所、钢琴合作艺术研究所、亚太音乐研究中心、音乐表演与产学合作中心
视觉艺术学院
材质创作与设计系、造型艺术研究所、应用艺术研究所、建筑艺术研究所、艺术创作理论研究所、视觉艺术研究中心
音像艺术学院
应用音乐学系、音像记录研究所、动画艺术与影像美学研究所、音像艺术媒体中心、音像资料保存及展示中心
文博学院
艺术史学系、博物馆学与古物维护研究所、亚太文化资产研究中心、台湾艺术档案中心
共同教育委员会
通识教育中心、师资培育中心、语文中心、体育中心