发酵工程是属于一级学科轻工技术与工程专业下的二级学科。
发酵工程学科是我国重点发展的高新技术——生物工程的重要组成部分，是生物工程技术产业化的关键。发酵工程是建立在细胞纯培养技术基础上，通过操纵遗传物质、调控细胞代谢关键酶和利用现代生物化工大分子分离纯化技术及其相应的现代装备，实现细胞的大规模培养以便获得各种生理活性物质的一门前沿生物高技术学科，其产业关联度涉及医药、农业、化工、轻工、食品及环保等领域。
发酵工程是生物工程的核心技术，也是医药生物工程和农业生物工程实现产业化的桥梁。
研究方向
生化分离与分析技术
微生物工程
微生物产品及发酵工艺
微生物工程及其利用
生物化工下游技术
生物质与生物能源
*各大院校研究方向有所不同。
培养目标
本专业培养学生培养具有扎实的发酵工程、生物技术基础理论和系统的专门知识，具备熟练的实验操作技能和必要的工程实践知识，具有从事该领域科学研究工作或独立承担专门技术工作的能力；
了解所从事专业方向的国内外研究进展和发展动态；
熟练掌握一门外国语，阅读专业文献，撰写论文摘要；
具有严谨的科学态度、求实的工作作风、诚挚的协作精神，成为具有较强科研设计和教学能力，德、智、体全面发展的工学硕士。
相近学科
制浆造纸工程、制糖工程、皮革化学与工程。
课程设置
科学社会主义的理论与实践、自然辩证法概论、英语精读、英语口语、英语听力、专业英语、数学物理方法、微生物生理及遗传、现代生化技术、微生物酶学等。